Sono passati 200 anni dai fatti del pianeta Fiorina 161 ed Ellen Ripley
(che si era suicidata poiché infettata da un alieno) viene clonata nel corso di un esperimento condotto sull'"Auriga",
una nave militare dei Sistemi Uniti. Lo scopo è quello di recuperare l'embrione
di xenomorfo dal suo ventre per ottenere una regina che produca degli Alien in larga scala a scopo bellico.
L'esperimento riesce all'ottavo tentativo: la nuova Ripley, a causa dei processi subiti,
non è però un semplice essere umano, mantiene i ricordi della sua vita passata,
ma ha una sorta di legame empatico con gli Alien e possiede alcune loro caratteristiche,
come una forza sovrumana e il sangue acido.
Nel frattempo, la nave da trasporto "Betty" attracca sull'Auriga
con un carico di contrabbando di uomini tenuti in stato criogenico. Il generale Perez,
a colloquio con il capo della nave Elgin, paga il trasporto in contanti ma mantiene però il mistero sull'utilizzo del carico.
Gli uomini ibernati servono in realtà da ospiti per le uova partorite dalla Regina, ormai adulta.
Dal brutale esperimento nascono numerose creature,
le quali però riescono a liberarsi dallo stato di prigionia in cui sono tenute dagli scienziati
facendo a pezzi uno dei loro compagni, in modo da corrodere la pareti delle celle con la fuoriuscita del sangue acido.
Le creature, ormai libere, cominciano a uccidere l'equipaggio della nave. Ripley,
assieme alla ciurma di contrabbandieri, deve farsi largo tra le insidie del veicolo spaziale per raggiungere la Betty,
abbandonarlo e farlo schiantare contro l'atmosfera prima che esso riesca a tornare sulla Terra,
portato dal pilota automatico entrato in funzione a causa dell'emergenza, col suo carico di mostri spaziali...
